Ruta se koristi za liječenje umornih očiju te glavobolje uzrokovane iscrpljenim očima. Koristi se za liječenje visokog tlaka, te jača oslabljene krvne žile. Kod rute se u ljekovite svrhe koristi lišće i rascvjetana biljka, bez korijena. Lišće se suši u hladu. Kao lijek, ruta se koristi u obliku praška, čaja, tekućeg ekstrakta i kao tinktura.
Kroz povijest se koristila pučkoj medicini u razne svrhe, ali i danas se koristi za bolju probavu, nervoznog lupanja srca, pri menstrualnim bolovima, uganuću, išćašenju, gihtu i kožnom osipu. Uzimanjem prevelikih količina rute pojavljuju se želučane i crijevne smetnje, te oticanje jezika i jako slinjenje. Njezin jak miris odbija mačke i pse. Osušeni i mljeveni listovi mogu poslužiti kao dobar repelent za insekte, posebice muhe.